در آن روزها مهاجرانی وزیر ارشاد اسلامی شده بود و احمد بورقانی، معاون مطبوعاتی ارشاد بود. مرتضوی تلاش کرد روزنامه جامعه را تعطیل کند، اما چنین چیزی براحتی ممکن نبود.
سالها بود که نه روزنامه ای تا این حد خط قرمزها را شکسته بود و نه روزنامه ای توقیف شده بود.
بخصوص اینکه در آن روزها خاتمی در اوج محبوبیت خود بود و برخورد با روزنامه های اصلاح طلب به نوعی برخورد با خاتمی و اصلاحات و مردم تلقی می شد.
سعید مرتضوی نخست تلاش کرد تا از طریق فشار آوردن به معاونت مطبوعاتی وزارت ارشاد کاری کند که آنان خودشان روزنامه را تعطیل کنند، اما احمد بورقانی در دیداری که تقریبا حکم بازجویی او را داشت با تندی با قاضی جوانی که لهجه یزدی غلیظ داشت، برخورد کرد.
مرتضوی حکم
توقیف موقت روزنامه جامعه را داد. احمد بورقانی نیز به همین دلیل استعفا داد و
همراه با عیسی سحرخیز که در معاونت مطبوعاتی وزارت ارشاد کار می کرد، از این
وزارتخانه بیرون آمدند.
اما توقف تيم جامعه یک روز بیشتر طول نکشید، روزنامه « توس» بلافاصله و پس از
یک روز به جای آن منتشر شد.
هشت روز بعد مرتضوی به استناد قانونی که فقط می توانست توسط صاحب امتیاز روزنامه جامعه مورد استناد قرار بگیرد، انتشار توس را به دلیل شباهت به روزنامه جامعه و در حقیقت زیرپا گذاشتن حق امتیاز روزنامه جامعه توقیف کرد.
همین باعث شد که روزنامه توس کلیه شباهت هایش را تغییر دهد و اسامی همه ستون های روزنامه و همچنین فرم گرافیکی آن عوض بشود. روزنامه توس تقریبا بطور دائمی زیر فشار دادگاه مطبوعات قرار داشت.
مرتضوی، جوادی حصار صاحب امتیاز توس را احضار کرد و او را وادار کرد تا علیه شمس الواعظین سردبیر خودش شکایت کند.
کاری که بعدها بارها با تحت فشار گذاشتن اشخاصی که صاحب امتیاز روزنامه ها بودند، انجام داد.
در هر حال روزنامه توس پس از 44 شماره، رهبر انقلاب را عصبانی کرد. آیت الله خامنه ای در یک دیدار رسمی با گروهی از مردم گفت:
«اگر با انگشتم اشاره کنم مردم همه شماها را سرجای خودشان می نشانند» ! ؛ البته این مردم نبودند که پیام رهبر انقلاب را اجرا کردند، این قاضی مقدس در دادگاه انقلاب و قاضی مرتضوی بودند که اشاره انگشت آیت الله خامنه ای را دیدند.
دادگاه انقلاب یک روز بعد از این سخنرانی ، شمس الواعظین (سردبیر)، جوادی حصار( صاحب امتیاز)، ابراهیم نبوی( طنزنویس) و حمیدرضا جلایی پور( مدیر مسوول) توس را دستگیر کرد.
محسن سازگارا، مدیر اجرایی توس که در سفر خارجی بود، در حال بیماری به ایران برگشت و در بیمارستان تحت بازداشت قرار گرفت.
120 نشریه در هشت سال
این آمار هرگز در تاریخ تکرار نشده است.
یک قاضی 120 نشریه مختلف را در طول هشت سال توقیف کرد.
پس از آزادی پنج نفر از گردانندگان روزنامه های جامعه و توس که همزمان با انتخابات مجلس خبرگان صورت گرفت، بسیاری از نیروهای سیاسی و فرهنگی تازه به این موضوع علاقمند شدند.
در طول زمانی کمتر از یک سال تعداد روزنامه های معتبر و پر فروش و مستقل از ده روزنامه هم بیشتر شد و تیراژ کل روزنامه ها به بالاتر از دومیلیون روزنامه رسید.
سعید مرتضوی در آن روزها هم درس می خواند و هم تلاش می کرد از هر قانونی که هر زمانی و برای هر جرمی وضع شده است، استفاده کند تا جلوی مطبوعات را بگیرد.
قاضی مرتضوی از هر قانونی برای متوقف کردن مطبوعات استفاده می کرد. او یک روزنامه را به استناد یک ماده قانونی مصوب 1339 در مورد حمل اشیاء خطرناک توقیف کرد. روزنامه سلام را به استناد انتشار اسناد محرمانه توقیف کرد.
نشریه ای دیگر را به استناد شکایت مدیرمسوول خود روزنامه توقیف کرد.
بسیاری از روزنامه ها از مرتضوی به دادگاه انتظامی قضات شکایت کردند، این دادگاه در بیش از چهل مورد مرتضوی را مقصر شناخت، اما معمولا کسی که برکنار می شد قاضی دادگاه انتظامی قضات بود، نه قاضی مرتضوی !
ویرانه ای برای مطبوعات
سرانجام دوران شیخ محمد یزدی که خود به عنوان رئیس قوه قضائیه رودرروی مطبوعات اصلاح طلب قرار گرفته بود، تمام شد و آیت الله خامنه ای سید محمود شاهرودی را که چند سالی بود تابعیت عراقی اش را لغو کرده و تبعه ایران شده بود و مورد توجه رهبر نظام بود، به عنوان رئیس قوه قضائیه منصوب کرد.
با این انتصاب، مطبوعاتی ها نفس راحتی کشیدند، اما موضوع به این سادگی نبود. شاهرودی پس از ورود به قوه قضائیه آنجا را « ویرانه» ای خواند که باید اصلاح شود و در اولین گام و بسرعت اسدالله بادامچیان، مشاور سياسي و برخي ديگر موتلفه اي ها و رازینی دادستان را از قوه قضائیه بیرون کرد.
او از همان ابتدا تصمیم داشت که مرتضوی را نیز به دلیل تخلف های بی شمارش برکنار کند، اما در ملاقات با رهبری با مخالفت وی مواجه شد. آیت الله خامنه ای گفته بود:
« یک قاضی قاطع و خوب داریم، او را هم می خواهید برکنار کنید»!؛ چنین شد که مرتضوی همچون خاری در چشم رئیس قوه قضائیه ماند و او نیز بتدریج به این مشکل در چشمانش عادت کرد.
قتل عام مطبوعات
وقتی مطبوعات پشت سر فهرست اصلاح طلبان ایستادند، مجلس ششم با حمایت مطبوعات به دست اصلاح طلبان افتاد.
تندروی های مطبوعات در برخورد با هاشمی رفسنجانی حمایت کارگزاران را از اصلاح طلبان گرفت.
سعید حجاریان چند روز پس از پیروزی اصلاح طلبان توسط سعید عسگر از حزب اللهی های تندرو ترور شد و چند روز بعد از آن بهانه کنفرانس برلین باعث شد تا تلخ ترین روز مطبوعات ایران و پرکار ترین روز قاضی مرتضوی در روز چهارم و پنجم اردیبهشت سال 1379 اتفاق بیافتد.
مرتضوی 18 نشريه را در این دو روز توقیف کرد و با شدت و قدرت در مقابل هر نوع مقاومتی در مطبوعات ایستاد. تا پایان سال 1379 او حکم توقیف موقت یا لغو امتیاز 32 نشریه را صادر کرد. این روند تا پایان هشت سال دولت خاتمی برقرار بود.
مرتضوی از بهار 79 تا تابستان تقریبا همه مدیران و نویسندگان مهم مطبوعات کشور را بازداشت و زندانی کرد و دوره طلایی مطبوعات اصلاح طلب را نابود کرد.