قتل زهرا کاظمی
یکی از مهم ترین پرونده های قاضی مرتضوی که همیشه او را در موقعیت یک متهم به قتل قرار داده است، قتل زهرا کاظمی، عکاس ایرانی - کانادایی بود که در تیرماه سال 1382 پس از یک دستگیری در حین عکاسی، توسط مرتضوی بازجویی شد و در حین بازجویی با ضربه مغزی کشته شد.
محسن آرمين، نماینده مجلس ششم و عضو کمیسیون تحقیق این قتل، ماجرای دستگيری و بازجويی از خانم کاظمی را چنین بيان کرد: «زهرا کاظمی، خبرنگار تبعه کانادا، روز دوم تير در مقابل زندان اوين و هنگامی كه مشغول گرفتن عكس از تجمع خانواده های بازداشت شدگان بود با ضرب و شتم دستگير می‌شود.
قاضی مرتضوی به جای رعايت حريم خبرنگاری، توجه به آبرو و حيثيت كشور و بهانه ندادن به مخالفان نظام و برخورد با ماموران متخلف كه اين خبرنگار را مورد ضرب و شتم قرار داده‌اند حكم بازداشت وی را صادر می‌كند. پس از دو روز بازجويی به دليل نامعلومی وی را به نيروی انتظامی تحويل می‌دهند.
زهرا كاظمی به بازجويان نيروی انتظامی می‌گويد كه به هنگام بازجويی در دادستانی به‌ويژه از ناحيه سر مورد ضرب و شتم قرار گرفته است. بعد از ظهر همان روز وی به دستور مرتضوی به دادستانی اوين ارجاع می‌شود و پس از چند ساعت قاضی مرتضوی از وزارت اطلاعات می‌خواهد او را تحويل بگيرد.
به گفته مقامات وزارت اطلاعات، اين وزارت اعلام می‌كند بازداشت وی ضرورتی ندارد... اما قاضی مرتضوی نمی‌پذيرد و وزارت را ملزم به تحويل گرفتن وی می‌كند.
زهرا كاظمی به هنگام بازجويی ابراز ناراحتی می‌كند. پنجم تيرماه ساعت 12 شب وی را به بيمارستان منتقل می‌كنند و ساعت 6 صبح روز ششم، حالش وخيم شده، به علت خونريزی مغزی به كما می‌رود و دچار مرگ مغزی می‌شود.
علت خونريزی ضربه مغزی و شكستگی جمجمه تشخيص داده می‌شود. وقتی خانواده متهم به زندان مراجعه می‌كنند ديگر از ادعای جاسوسی وی خبری نيست. تنها چيزی كه می‌شنوند اين است كه برويد وی را از بيمارستان ببريد »
به گفته محسن آرمين: «زهرا كاظمی تا روز 19 تيرماه 1382 عليرغم مرگ مغزی زير دستگاه تنفس مصنوعی نگهداری مي‌شود و پس از اين تاريخ مرگ وی اعلام می شود.
قاضی مرتضوی پس از درگذشت وی، خارج از حيطه مسووليت و بدون اطلاع به وزير فرهنگ و ارشاد اسلامی، مديركل رسانه‌های خارجی اين وزارت را احضار می‌كند و از وی می‌خواهد طی مصاحبه‌ای فوت وی را به علت سكته مغزی اعلام كند.
وی پس از مصاحبه مديركل مذكور چند بار با خبرگزاری تماس می‌گيرد تا خبر مصاحبه را سريعا مخابره كنند. به گفته خانواده زهرا كاظمی، دادستانی اصرار بر دفن سريع وی داشته است.»
مهدی کروبی رييس مجلس ششم گفت که بنا به گزارشی که از سوی هيات پيگيری به رييس جمهوری ارائه شده است، حتمی بودن ضربه مغزی خانم کاظمی تاييد می شود. فاطمه راکعی، نماينده مجلس ششم نیز گفت که شخص قاضی مرتضوی طی تماسی با محمد حسين خوشوقت، معاون رسانه های خارجی وزارت ارشاد، وی را به دادستانی فرا خوانده و از او خواسته است نامه تايپ شده ای مبنی بر اينکه "علت مرگ زهرا کاظمی سکته مغزی بوده است" امضا کند.
پس از انتشار
این اطلاعات بود که ژان پیر پرن، نویسنده لوموند نوشت که زهرا کاظمی با ضربات
کفش مرتضوی به قتل رسیده است.
سفر هاي ناموفق، نه کانادا و نه فرانسه
با پایان یافتن دوران طلایی مطبوعات، قاضی مرتضوی نیز از دانشگاه فارغ التحصیل شد و فوق لیسانس حقوق خودش را گرفت. او تصمیم گرفته بود تا مدتی از فضایی که در مورد او وجود داشت دور شود، به همین دلیل تصمیم گرفت برای ادامه تحصیل به کانادا برود. اما این موضوع با واکنش شدید ایرانیان در کانادا که او را به عنوان یکی از دشمنان حقوق بشر معرفی می کردند، روبرو شد. ایرانیانی که در کانادا قدرت اجتماعی و شغلی و علمی بالایی دارند، از دولت کانادا خواستند که مانع شود که مرتضوی برای تحصیل در این کشور پذیرفته شود. دانشگاههای کانادا نیز با پذیرش وی مخالفت کردند. چندی بعد او تصمیم گرفت تا تحصیلاتش را در فرانسه دنبال کند، اما در فرانسه نیز دولت و ایرانیان مقیم فرانسه واکنش شدیدی در این مورد نشان دادند، شاید اگر قاضی مرتضوی در همان زمان به کانادا رفته بود، بسیاری از آنچه برای او و برای روزنامه نگاران ایرانی و برای بسیاری از کسانی که به حکم او مجازات شدند، اتفاق نمی افتاد.
مرتضوی نیز پس از برخورد با این درهای بسته به کارش از یک سو و تحصیلاتش از سوی دیگر ادامه داد. او که در حال به پایان رساندن دوره دکترایش است، از معدود دانشجویانی است که بارها در دادگاه استادانش را تهدید کرده و یا به زندان انداخته است. اما نکته مهم این است که با وجود اینکه مرتضوی برای تحصیل در دانشگاه از سوی دولت های کانادا و فرانسه پذیرفته نشد، اما وی به عنوان نماینده حقوق بشر ایران به اجلاس ژنو رفت و هیچ اتفاقی هم برای او نیفتاد.
پرونده وبلاگ نویسان، 1383
اگرچه آغازپرونده ای که بعدها نام وبلاگ نویسان را گرفت، توسط کمیته اماکن و با دستگیری نه نفر از نویسندگان و مدیران فنی چند وب سایت اینترنتی آغاز شد، اما مانند بسیاری از پرونده هایی که به رسانه ها مربوط می شد، معلوم شد که کل این پروژه توسط قاضی مرتضوی اداره می شد و پس از مدتی نیز مرتضوی خود عهده دار بازجویی ها و برگزاری دادگاههای وبلاگ نویسان شد.
سینا مطلبی، حنیف مزروعی، امید معماریان، روزبه میر ابراهیمی، شهرام رفیع زاده، غلام تمیمی، فرشته قاضی و محبوبه عباسقلی زاده مهم ترین کسانی بودند که در این پرونده به دادگاه کشیده شدند، قاضی مرتضوی از طریق تحت فشار قرار دادن این افراد که بیشتر با اتکاء به مسائل شخصی آنان صورت می گرفت، آنان را وادار کرد که در دادگاه و در مصاحبه های مطبوعاتی به جرایم خود اعتراف کنند.