امير اعلم چگونگى پخش آب در ايران را نیز مخالف با اسلام و حفظ‌الصحه و يكى از علل اشاعهٔ بيماری‌های واگیردار می‌دانست.(33) وی شست و شو در آب جارى را نيز کاری مخالف با قوانين اسلام می‌شمرد:

مكرر ديده‌ايم كه بعضى از زنان تمام جامه‌شويى خود را در آب مشروب محله خود به عمل مي‌آورند حتى از شستن رخت اطفال كه به نجاست ملوث شده خوددارى نمي‌نمايند تعجب در اين است كه در بعضى محلات رختشوي‌خانه مخصوص ساخته‌اند ولى ابدا اعتنا به آنجا نداشته همان عمل ناشايست را به جاى آورده و آب‌ها را كثيف مي‌نمايند. عمل اين زنان در قانون اسلام خلاف است. (34)

دکتر امير اعلم،كه نمايندۀ دولت ايران در «كنفرانس بین‌المللی بهداشت» (International Sanitary Conference) در پاریس در ۱۳۲۱/۱۹۰۳ بود، در مبارزه با امراض واگیردار نقش مهمى را براى علما در نظر داشت: «جاى آن دارد كه علماى اعلام و حجج اسلام، كثّرالله امثالهم، اهميت شرعى راجعهٔ به آب را مكرر اظهار بدارند و اصرار فرمايند و مامورين محترم دواير نظميه شهرهاى ممالك محروسه در حق تلويث‌كنندگان آب‌هاى خوراكى مجازات شديده و جزاى نقدينه قرار بدهند و در مرمت و پوشاندن راه‌هاى آب از اقدامات لازمه خوددارى ننمايند.»(35) نامه احمدی یا حفظ‌الصحه اسلامی با بررسی «حرمت مشروبات مخمّره»، «طهارت، غسل و وضو»، «حفظ‌الصحه تناسلی، و مسئلۀ ختان [و] منافع صحی آن» درپی نشان دادن این نکته بود که«تعلیمات شرع شریف اسلام مطابق و موافق قوانین صحیه جدیده است.»(36) درپایان این رساله که شاید بتوان آن را نخستین آفریدۀ روشنفکری دینی دانست،(37) امیر اعلم چنین نتیجه گرفته بود:

اگر اوامر و احکام شریعت مطهره اسلامیه چنانکه باید و شاید تمام آثار حسنه خود را نبخشیده علت آن این است که در تاویل احکام مقدسه خطاها رفته و لوازم اسباب مادی و اجرای آن ناقص بوده است. جای آن دارد که روسای روحانی و مامورین حکومتی دست به دست داده و تمام قوا و نفوذ خود را روی‌هم ریخته خلق را به اجرای احکام مقدسه ترغیب نمایند و برای اجرای آن هرچه لوازم مادی است فراهم آورند. (38)

دهه‌اى بعد، كوشش به‌جویانۀ دكتر امير اعلم را براى تطبيق احكام طهارت با دانش بهداشتى، دكتر تومانيانس در كتاب حفظ الصحه در دين اسلام (۱۳۱۳/۱۹۳۴) ادامه داد.(39) وی در شرح اين راه مشترك نوشت:

ناگفته نماند در موضوعى كه مورد بحث ما است دانشمند معظم و استاد مكرم آقاى دكتر امير اعلم كه حقيقة در حذاقت مقام شامخى را دارا و قطعا يكى از بهترين اطباى حاذق و دكترهاى درجه اول ايران هستند در سال يك هزار و سیصد و دو هجرى در تحت همين عنوان يعنى"حفظ الصحه و ديانت اسلامى" تزى (رساله) مرقوم داشته‌اند كه الحق چند موضوع را كاملا تشريح و مخصوصا جنبه تاريخى آنها را به نحو تفصيل ايراد فرموده‌اند. اما چون در رساله مذبوره علل صحى و طبى دستورات اسلامى را بيان ننموده‌اند لذا اين بنده كه بر اثر مطالعه همين رساله سودمند به نوشتن اين موضوع مهم تحريك و تشويق گرديدم، دنباله تحقيقات معظم‌له را گرفته و در حقيقت به تكميل زحمات و اكمال رساله ايشان مي‌پردازم.(40)

دكتر تومانيانس در بارۀ هدف تأليف حفظ‌الصحه در دین اسلام، كه مقبوليت خاصى در ميان سخنگويان مذهبى يافت، می گوید: «مقصد ما آنست كه در حدود مفهومات طب امروزى برخى كلمات و بعضى قوانين ديانت اسلامى را كه راجع به حفظ صحت است مورد بحث صحى قرار داده و از نظر حفظ‌الصحه عمومى تا حدى كه در خور توانائى ما است انتشار دهيم.»(41) وی سپس می‌افزاید: «منظور ما آنست كه فلسفه طبى قوانين و دستورات صحى ديانت اسلام را بر طبق طب امروزه تشريح و از اين راه خدمتى به هم‌نوعان خود كرده و مردم را به اجراى آن قوانين تشويق كنيم.»(42) در این هماهنگ‌سازی قوانین بهداشتی و احکام دینی، دکتر تومانیانس بر این باور بود که «موسس دیانت اسلامی از وجود میکروب به خوبی با خبر بوده و راه وارد شدن آنها را به بدن می‌دانسته و همچنین راه مدافعه و جلوگیری از ورود میکروب را در بدن تشخیص داده و در نتیجه دستورات صحی را به اندازه ظرفیت مردم آن دوره داده است.»(43) به نظر تومانیانس، از آنجا که مردم در دورۀ زندگی پیامبر اسلام «به کلی از وجود میکروب و سبب تولید امراض بی‌خبر» بودند، «لذا آن بزرگ مرد وجود میکروب‌ها را تشبیه به حیوان نموده که همیشه مجسمه آن در انظار مردم موجود بوده و آن شکل جن و شیطان می‌باشد.»(44) باهمسان‌سازی جن‌شناسی و جِرم‌شناسی، تومانیانس یادآور می‌شودكه «بعضى از روحانیون ديانت اسلام اين تكليف و سنن صحى را غالبا به غلط معنى و توجيه كرده، بلكه در بعضى جاها اصل موضوع را از دست داده يا زير پا گذارده‌اند، و بالطبع دست كشیده‌ا‌ند. به همين جهت است كه ما به نام خدمت به نوع و هموطنان خود حقايق صحى اين دين شريف را به عون الهى بيان و در دسترس عموم قرار می‌دهيم و ايشان را به فوايد و منافع آنها راهنمائى و توضيحاً عرض می‌کنيم.» (45)

در اين بازخوانى بهداشتى سنن اسلامى، تومانیانس، پس از پرداختن به گفتمانى بهداشتى و میکروب‌شناسانه از احكام اسلامى، به نقد تفاسير غالب پرداخته است:

به مسلمانان بيچاره القاء می‌كردند كه وضو واجب است اما حكمتش را نمى‌فهماندند كه اين عمل موجب نظافت دست و پا و صورت و در نتيجه باعث صحت و سلامتى خواهد بود تا اينكه اقلا آن شخص بفهمد براى نظافت و پاكيزگى اينكار را مى كند و آب صاف و پاك استعمال نمايد نه اينكه هر آبى را به كار برد مانند آب حوض حياط كه از يك طرف زنش لباس‌هاى كثيف اطفال را در آن شسته و از طرفى كلفتش ظروف خوراك و غيره را در آن شست و شو داده و همچنين خود آقا براى نظيف نمودن بدن و اعضاى بدن همين آب را استعمال كرده است. (46)

به اعتقاد او: «اگر مسلمانان می‌فهميدند كه مقصود از استحمام نظافت و پاكيزگى است، هيچوقت در آب كثيف خزانه‌هاى حمام امروزى وارد نمي‌شد زيرا بر طبق دستور اسلام همان طورى كه قبلا گفته‌ايم آب حمام و خزانه آن بايد به اندازهاى نظيف و پاك باشد كه بتوان جرعه‌اى [از آن] نوشید.»(47) اما اين تفسير بهداشتى از احكام، كه بر شناختى باطنى و ميكروب‌شناسانه استوار بود، با معيارهاى ظاهرى و كمّى از آب كُر و آب جارى در رسائل عمليه و توضيح‌المسائل ناسازگاری داشت. تقابل اين دو نگرش ظاهرى و باطنى به آب پاك را تومانيانس چنين بیان کرده است: