به صلاح شما و ايشان است كه جنازه را هر چه زودتر دفن كنيد و فردا مراجعه كرده و رضايت مرا گرفتند... و من مجبور شدم رضايت بدهم...))در همين تاريخ (۴/۶/۸۲) کميسيون با حضور معاونين محترم حقوقی وحفاظت اطلاعات و ضد جاسوسی وزارت اطلاعات و تعدادی از نمايندگان محترم مجلس شورای اسلامی از ساير كميسيون‌های تخصصی تشكيل جلسه داد و دادستان تهران آقای مرتضوی عليرغم دعوت رسمی مانند جلسه قبل حضور نيافتند. در اين جلسه معاونين محترم وزارت اطلاعات پيرامون علل و عوامل قتل خانم زهرا كاظمی مطالب مهمی بيان كردند كه بعينه ضبط و پياده شده و ضميمه پرونده است.برخی نكات قابل توجهی كه معاونين محترم وزارت اطلاعات اظهار داشتند بدين قرار است:
(... همه زوايای مساله برای وزارت از روزهای نخست روشن بود... در طول اين پنجاه روز وزارت سختي‌ها و فشارها را به جان خريد و همه تلاشش را به كار گرفت. با مقام معظم رهبری با رييس قوه قضاييه با رياست جمهوری با شعبه رسيدگي‌كننده پرونده چندين مكاتبه انجام داد، گفت‌وگوها و جلسات مكرر با همه كساني‌كه به گونه‌ای مسوول قضيه بودند انجام گرفت تا مسير بازپرسی را به مسير صحيحی هدايت كند و نظام هم خسارتی نبيند اما متاسفانه همان چيزی كه قبل از رسيدگی به پرونده به صراحت از سوی متصديان (قضايي) ابراز مي‌شد به عنوان نتيجه نهايی اعلام شد... وقتی با دستگاه امنيتی نظام اين گونه غيرعادلانه وغيرمنصفانه عمل شود جا دارد ما نگران سرنوشت آحاد مردم باشيم...)
در جای ديگر اظهارات معاونين وزارت چنين آمده است:
(... مشاور قضايی ضدجاسوسی وزارت به آقای دادستان اعتراض مي‌كند كه شما چرا متهم به جاسوسی را به جايی تحويل داديد كه در تخصص آنها نيست اين خانم بايد در اختيار وزارت اطلاعات باشد، نظر ما اين بوده كه وی را آزاد كنيد برود اما هنگامی كه وی را دستگير كرديد قاعده اين بوده كه تحويل وزارت بدهيد تا ما از وی تحقيق كنيم و نتيجه را به شما اعلام نماييم...))در مورد ضربات وارده به خانم كاظمی يكی از معاونين وزارت اطلاعات چنين مي‌گويد:
((... تحقيقات نشان مي‌دهد در دو جا خانم كاظمی ضربه خورده است يك مرحله وقتی بوده كه مي‌خواسته‌اند كوله‌پشتی وی را بگيرند و وی از تحويل آن خودداری مي‌كرده است در اين حال يك ضربه محكمی به طرف چپ صورت ايشان مي‌خورد و از طرف به زمين مي‌خورد كه اين را مدارك پزشكی بيمارستان آثار جراحت را تاييد مي‌نمايد و در اين مرحله وی در دست چند تا از قضات محترم پرسنل زندان اوين بودند... اين مرحله را سرباز برجك و پرسنل زندان و سربازهايی كه آنجا ديدند و در حدود ٢٠ نفر مي‌شوند در اظهارات اوليه شهادت داده‌اند... بعدا اين شهود را جمع مي‌كنند و مي‌برند توجيه مي‌كنند... تا همه حرفهايشان را پس بگيرند اين كار را مسوولين حفاظت اطلاعات زندان اوين انجام مي‌دهند... دفتر وقايع زندان و وقايع بندها دستكاری شده و مخدوش است ما برداشتمان اين است كه قوه قضاييه (دادستانی تهران) از قبل نظر داشته كه اين موضوع را در وزارت اطلاعات جستجو كند... در گزارش نيروی انتظامی به هيات ويژه رياست جمهوری نوشته شده كه خانم زهرا كاظمی با خط خود نوشته است بيني‌ام را شكسته‌اند، انگشت شست مرا و همين‌طور انگشت پای مرا شكسته‌اند... حال چطور مي‌شود وزارت اطلاعات به كسی كه گفت آزادش بكنيد بعد برويم زندان بكشيمش...
آقای يونسی وزير محترم اطلاعات در نامه‌ای به آقای رييس جمهور مي‌نويسد كه ((پرسنل وزارت اطلاعات تاوان عضويت خود در دولت شما و پرهيز از ظلم و بي‌عدالتی را مي‌پردازند)).در جای ديگر از اظهارات وزارت اطلاعات آمده است ((... مقام معظم رهبری در اين خصوص به دو مطلب تاكيد دارند يكی اين‌كه آقای شاهرودی كشف حقيقت شود نه مصلحت سنجی و ثانيا به سرعت بايد اين‌كار انجام شود و حكم صادر شود... داور تعيين شده در دفتر مقام معظم رهبری هم پس از برررسی مدارك وزارت اطلاعات و مدارك دادستانی تهران حكم مي‌كند كه حق با وزارت است... اما در عين حال اقدامی صورت نمي‌گيرد...دوستان قضايی مي‌گويند بنا به نظر پزشكان شما اصلا وارد روز دوم و سوم (دستگيري) نشويد هرچه بايد پيدا شود بايد روز پنجم باشد... آقای شاهرودی (رياست محترم قوه قضاييه) هم كه من (يكی از معاونين وزارت اطلاعات) رفتم خدمتشان مي‌گفتند حالا دو تا هم بازداشت بشوند! به نفع نظام است. ما گفتيم آن‌كس كه كرده بايد بازداشت بشود ربطی به ما ندارد ايشان فرمودند: دخالت توی كار قضايی نكنيد...)با توجه به مجموع محتويات پرونده به منظور استماع نظرات دادستانی تهران و رفع ابهامات موجود طی نامه شماره ۴۹۵۲/۱۵۷۴۲/۹۰م مورخ ۵/۶/۸۲ پانزده سوال مشخص برای آقای مرتضوی دادستان عمومی تهران ارسال شد که تا تاريخ ۹/۶/۸۲ پاسخ ها را به اين کميسيون اعلام نمايند. برخی سئوالات به قرار ذيل مي‌باشد:
1ـ چرا فعاليت خانم كاظمی در حالی كه وی از وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی مجوز قانونی برای فعاليت داشته از طرف دادستان بدون مجوز اعلام شده است؟
2- چرا تاكيد شده كه علت فوت نامبرده سكته مغزی بوده است؟
3- چرا در حالت اغماء وی قرار بازداشت به وثيقه يا كفالت تبديل شده است؟
4- دلايل و مستندات صدور قرار بازداشت و يا اساسا دلايل قانونی توجه اتهام جاسوسی يا اتهام اخلال در امنيت ملی به خانم كاظمی چه بوده است؟
و سوالاتی از اين قبيل. آقای مرتضوی پاسخی به شماره ۸۲/۵۶۰۸/۲۰ مورخ ۹/۶/۸۲ به سوالات دادند که تصوير آن برای وزيرمحترم اطلاعات و فرماندهی محترم نيروی انتظامی ارسال گرديد تا به جزئيات مورد استناد پاسخ دهند و كميسيون بتواند با تفصيل و توجه به آن جزئيات اظهارنظر كند اما فرماندهی محترم نيروی انتظامی عليرغم مكاتبه‌ی مكرر هنوز پاسخ نداده‌اند. در هر حال با توجه به جواب وزارت محترم اطلاعات و ساير مراجع مورد استعلام در خصوص پاسخ دادستان محترم بايد گفت:
اولا . بيش از دو صفحه مطالب نامه ماهيت حقوقی ندارد و علت عدم حضور خود در جلسات رسمی كميسيون را تحريف مطالب حاضرين توسط برخی از اعضای كميسيون ذكر نموده‌اند كه اتهامی به اعضای كميسيون و برخلاف واقع مي‌باشد و عذر بدتر از گناه است و عجيب‌تر اين‌كه مي‌گويند الزام قانونی به شركت در جلسات کميسيون اصل ۹۰ ندارم در حالی كه اگر آقای مرتضوی مرور كوتاهی به قوانين موضوعه در خصوص حدود اختيارات كميسيون مصوب مجلس شورای اسلامی مي‌كردند هرگز با چنين صراحتی مرتكب اين اشتباه بزرگ نمي‌شدند و كميسيون را متهم به عدم اطلاع از قوانين نمي‌كردند. برای روشن شدن اين نكته بايد ماده ی ۲ قانون نحوه ی اجرای اصل ۹۰ قانون اساسی مصوب ۲۵/۸/۱۳۶۵ مجلس را که به تائيد شورای نگهبان نيز رسيده است را مورد توجه قرار داد كه مقرر داشته «... اين كميسيون مي‌تواند جهت كسب اطلاعات كافی از مسوولين مذكور (قوای سه‌گانه جمهوری اسلامی و تمام وزارتخانه‌ها و ادارات و سازمان‌های وابسته به آنها و بنيادها و نهادهای انقلابی و موسساتی كه به نحوی از انحاء به يكی از قوای فوق‌الذكر مربوط مي‌باشند» دعوت يا مستقيما با آنها مكاتبه نمايند و آنها مكلف به اجابت هستند و در صورت تخلف و ثبوت جرم عدم پاسخگويی توسط كميسيون و اعلام آن دادگاه صالح موظف است خارج از نوبت رسيدگی و در صورت ثبوت جرم مقدار كيفر مذكور در تبصره‌ی ماده ی واحد (مصوب ۵/۲/۱۳۶۵) را مشخص و نتيجه را به كميسيون اعلام نمايند.» با اين وصف اظهارنظر آقای مرتضوی به عنوان دادستان عمومی و انقلاب تهران ازهر جهت موجب شگفتی است.
ثانيا آقای مرتضوی در پاسخ به اين سوال كه: چرا فعاليت خانم كاظمی را فاقد مجوز دانسته‌ايد، مي‌گويد در سطر ۱۱ و ۱۲ صفحه ی سوم گزارش هيات ويژه‌ی رياست جمهوری آمده است كه «خانم كاظمی در اين اقدام برخلاف مجوز اعطا شده به وی عمل كرده است و از محلی