جنبش خلق عرب در خوزستان، جنبش خلق مسلمان در آذربایجان، حزب توده و دیگرسازمان های سیاسی اعدام شدند. این جریان ادامه یافت تا این که سرانجام در زمستان 1983{1361} و سپس در بهار 1983{1362}، شمار بسیارِی از رهبران ، کادرها و اعضای حزب توده و سپس فداییان {اکثریت} دستگیر شدند.
در سال 1987{1365}سازمان فداییان{اکثریت}، پس ازبرگزاری کنگره ی آن در خارچ از کشور و بازگشت رهبران و کادرهاِ آن به ایران ضربه ی سختی را تاب آورد. بازداشت شدگان در این ضربه به تدریج تا تابستان1979{1367} اعدام شدند.
می توان اعدام هایی را که در مقطع زمانی نامبرده به اجرا درآمدند ، بنابه دلایل درپی آمده، موجی بزرگ و متفاوت با موج پیشین به حساب آورد.
1.این موج پس ازپایان جنگ 8ساله میان ایران وعراق، دربهار8 198{1367} ، پدید آمد که در آن هنگام دیگر این بهانه که "گروهک های ضد انقلاب " دولت اسلامی را در جریان جنگ تحمیل شده به آن ،ازسوی مابقی جهان، تضعیف می کنند دیگر وجود نداشت.
2. در مدتی بسیار کوتاه که چیزی نزدیک به یک ماه به طول انجامید هزاران کوشنده ی سیاسی در زندان ها به دارآویخته یا تیر باران شدند که بسیاری از آنان دوره ی زندان خورا تحمل کرده یا زمان نزدیک به پایان آن را می گذرانیدند. نام ومشخصات بیش از 2000تن از این افراد در فهرست مجاهدین منتشر شد ، اما می گویند شمارایشان بسیارازاین حد افزون تر است، چون آنها را در گورهای جمعی ، بی هیچ گورمشخص یا سنگ قبری، به خاک سپرده اند.و حتی جای آن ها بر هیچ کس، حتی آنان که مدفون شان ساخته اند نیز، آ شکارنیست؛ و هیچ کس در باره ی گورهای جمعی دیگرهم چیزی نمی داند. می گویند گور جمعی خاوران نیز نا شناخته بود تا این این که زایری دست یکی ازاعدام شدگان ،به نام کیومرث زرشناس ، از اعدام شدکان توده ای را که از خاک بیرون مانده بود دید.
برخی می گویند شمار این قربانیان به 16000نفر نیز می رسد،اما هیچ کس شمار واقعی آن ها را نمی داند.
3. رنگ مذهبی این اعدام ها بسیار آشکارتر از اعدام های پیشین بود ، هرچند که آن ها نیز از سرچشمه ی سیاسی همسان بر خوردار بود ند. چهار فردی که آیت اله خمینی مسوولیت این اعدام ها را به آنان سپرده بود ، از هر زندانی چهار سوال می پرسیدند:
1} آیا خدا را می پرستی؛
2}آیا مسلمان هستی؛
3} آیا ج ا ا را قبول داری؛
4} آیا نمازمی خوانی؟
پاسخ منفی به سه سوال نخست مجازات اعدام را ضرورمی ساخت وپاسخ منفی به سوال آخرضربه های شلاق را ، تازمانی که زندانی اظهار می کرد که ازآن پس نماز خواهد خواند، در پی داشت .
این موج اعدام پس از صدور قطع نامه آتش بس در مورد جنگ ایران و عراق ،در ماه ژوئن 1988{خرداد1367}، و پس از این که آیت اله خمینی گفت که "جام زهر را سرکشیده" است شکل گرفت؛ و با هجوم حمله ی " فروغ جاویدان" مجاهدین به مرزهای غربی ایران هم زمان شد که با ضد حمله ی "مرصاد" نیروهای مسلح ایران پاسخ گرفت.
جانشین رهبر وقت ج ا ا،آیت اله حسین علی منتظری، دو نامه به آیت اله خمینی نوشت و به خاطر فرمان اش در باره ی اعدام زندانیان سیاسی به او اعتراض کرد، اما نه تنها نتوانست روند آن رخدادهای فاجعه بار را دگرگون کند، بلکه خود نیز مورد بی مهری رهبر وقت ایران قرارگرفت وناگزیر شد در خانه ی خودش در شهر قم دوران حصر خود را بگذراند.
آن چه او به رهبر وقت و چهار نفر کسانی که مامور اجرای آن اعدام ها شدند ، نوشت، به خوبی ماهیت ودامنه ی این" فاجعه ی ملی " را آشکار می کند. او در نخستین نامه اش به آیت اله خمینی ،در31 جولای 1988{9 امرداد1367}،نوشت:" .اعدام بازداشت شدگان وقایع اخیر{مقصود هجوم" فروغ جاویدان" و ضد حملهِ ی"مرصاد" است}مورد قبول ملت و جامعه است و ظاهرا عوارض نامطلوبی ندارد،اما اعدام کسانی که ازپیش در زندان بوده اند:
1}... در شرایط فعلی نشانه ی انتقام جویی ما تلقی می شود؛
...2}...بسیاری از خانواده ها را که معمولا متدین و انقلابی اند ناراحت و مایوس می کند،به طوری که زده می شوند؛
3} بسیاری از آن ها سرموضع نیستند,اما مسئولان تند آنها را سر موضع به حساب می آورند؛
4} در شرایط فعلی که زندانیان اخیروحملات صدام ما را در موضع ستم دیده قرار داده است و بسیاری از رسانه ها و شخصیت ها از ما دفاع می کنند، صلاح نیست که بگذاریم تبلیغات سوء علیه ما شروع شود؛
5}افرادی که پیش از این به وسیله ی دادگاه ها و مطابق بعضی معیارها به کم تر از اعدام محکوم شد ه اند، نباید بدون مقدمه و بدون انجام فعالیت تازه اعدام شوند؛ انجام چنین کاری به معنی بی توجهی به معیارهای قضایی و حکم قضات است ؛
6} تحت تاثیر جو قرارگرفتن رواج دارد و بسیاری افراد بی گناه یا کم گناه ممکن است به فرمان جناب عالی اعدام شوند؛
7}ما هیچ نتیجه ای از آدم کشی و خشونت نگرفته ایم . اما،در خال حاضر، تبلیغات را علیه خودمان زیاد کرده ایم . خوب است مدتی هم بررحم ومحبت خودمان بیفزاییم؛
8} اگر خیلی به اجرای دستورهایتان اصرار دارید، لااقل به آن ها بگویید بر اساس اجماع قاضی، دادستان و مسوول اطلاعات ،به عنوان ضابطه ی تصمیم گیری ، عمل کنند .... زنان، به خصوص زنان باردار نیز نباید اعدام شوند؛
9} اعدام هزاران نفر درچند روز نتایج سویی دارد و خالی ازخطا نخواهد بود."مقامات دولتی می خواستند پیامدهای نامطلوب اجتماعی- اقتصادی جنگ ایران وعراق بر زندگی مردم ایران را، با نشان دادن خشونت به کوشند گا ن سیاسی که پیش بینی می کردند ممکن است با بهره برداری از این نتایج متحد شوند ازچشم مردم دور نگه دارند.
خویشاوند یک قربانی این رخدادها درمصاحبه اش با روزنامه ی شهروند کانادا گفت:" پدرم سوال هایی داشت و بدون این که پاسخی برای آن ها بیابد درگذشت. او همیشه می پرسید:
آیا این آقایان عاملان و آمران به حقانیت عمل خود اعتقاد داشته و دارند و یا ازآن شرمسار هستند؟ اگر به درستی آن معتقدند، چرا از فاش گویی آن شرمسار هستند؛ آن هم بیست سال پس از وقوع آن عمل؟
چرا می کوشند که هیچ کس در باره ی آن هیچ چیز نداند و نشنود؟ "
این مصاحبه شونده پس از انتقاد های خود از قید وبندهایی که دولت و ماموران اش برای گرد آمدن خانواده های مقتولان در گورگاه شان بر آن ها تحمیل می کنند، گفت :"اگر درست عمل کردید پای آن بایستید و اگر شرمسارید در رفتار خود نشان دهید."
و در پاسخ به پرسشی در باره ی "ببحشیم و فراموش نکنیم " ، راجع به رخداد های سال 1988{1367} ، کفت:" به عقیده ی من این جوانان ...جان خودرا در راه آرمانی دادند که دنیایی بهتر، فارغ ار زشتی ها و پلشتی ها، را نشانه رفته بود. پس انتقام چیزی نیست که در